Caso tenha algum problema para conectar ao mysql após a atualização do PHP para a versão 5.3.1, verifique o seu arquivo de Hosts

No windows : C:\Windows\System32\drivers\etc\hosts

No linux:     /etc/hosts

altere  a seguinte linha de ->      ::1 localhost

para->   #::1 [...]]]> A nova versão do php, a 5.3.1 trabalha com um driver nativo do mysql (mysqlnd)

Caso tenha algum problema para conectar ao mysql após a atualização do PHP para a versão 5.3.1, verifique o seu arquivo de Hosts

No windows : C:\Windows\System32\drivers\etc\hosts

No linux:     /etc/hosts

altere  a seguinte linha
de ->      ::1 localhost

para->   #::1 localhost

ou seja, simplesmente comente a linha do IPV6

Referências :
http://stackoverflow.com/questions/1871112/cannot-connect-to-mysql-through-php

http://bugs.mysql.com/bug.php?id=6348

http://bugs.php.net/bug.php?id=47820