A nova versão do php, a 5.3.1 trabalha com um driver nativo do mysql (mysqlnd)
Caso tenha algum problema para conectar ao mysql após a atualização do PHP para a versão 5.3.1, verifique o seu arquivo de Hosts
No windows : C:\Windows\System32\drivers\etc\hosts
No linux: /etc/hosts
altere a seguinte linha
de -> ::1 localhost
para-> #::1 localhost
ou seja, simplesmente comente a linha do IPV6
Referências :
http://stackoverflow.com/questions/1871112/cannot-connect-to-mysql-through-php
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=6348
http://bugs.php.net/bug.php?id=47820
